Hipatia de Alejandría, filósofa y astrónoma da clases en la biblioteca de Alejandría a discípulos que pronto se convertirán en grandes hombres del mundo de la política y la religión. Sin embargo, en Alejandría hay un ambiente hostil por la enemistad entre paganos (personas que creen en diversos dioses) y cristianos. Éstos se revelan contra los paganos y, apoyados por el emperador romano (Alejandría era ciudad del imperio romano), saquean e incendian la biblioteca de Alejandría. No contentos con ello, los cristianos toman la ciudad y los paganos deben bautizarse en la fe cristiana. Entonces, los cristianos la emprenden contra los judíos, con la esperanza de que sólo reine en Alejandría un credo: el cristiano. Hipatia se niega a ser bautizada en la fe cristiana ya que ella tiene sus dioses paganos. Debido a que parte de sus antiguos discípulos son hombres de política confían en ella. Sin embargo, el patriarca Cirilo, cristiano, interpretando a su manera las Sagradas Escrituras, dice que Jesucristo nunca confió en una mujer y las opiniones de las mujeres deben ser consideradas nulas, y temeroso de que Hipatia pueda imponer sus creencias y sabiduría pagana en la ciudad, solicita a los monjes parabolanos (grupo de hombres cristianos encargados de mantener el orden en la ciudad) que la busquen. Estos la encuentran y despojándola de sus vestiduras, la matan a pedradas. (En realidad en la película se cuenta que ella muere a manos de un antiguo esclavo suyo cristiano y convertido en monje parabolano. Y la mata para que no sufra los golpes con las piedras. Hace ver al resto de monjes que se ha desmayado, cuando en realidad ha muerto asfixiada por él para evitarle el sufrimiento).
